Dr. Cech đã gặt hái nhiều phần thưởng cho công trình nghiên cứu của mình như:

• chức giáo sư suốt đời của Hội Ung thư Hoa Kỳ (1987)
• Giải Passano (1984)
• Giải Sinh học phân tử của Viện hàn lâm Khoa học quốc gia Hoa Kỳ (1987)
• Giải Louisa Gross Horwitz của Đại học Columbia(1988)
• Giải Heineken của Viện Hàn lâm Khoa học Hoàng gia Hà Lan (1988)
• Giải Albert Lasker cho nghiên cứu Y học cơ bản (1988)
• Giải quốc tế Quỹ Gairdner (1988)
• Giải Nobel Hóa học (1989) (chung với Sidney Altman)
• Giải thưởng Nhà nước về Khoa học, Hoa Kỳ (1995).

Năm 1987, Dr. Cech được bầu và Viện hàn lâm Khoa học quốc gia Hoa Kỳ và năm 1988 được bầu vào Viện hàn lâm Khoa học và Nghệ thuật Hoa Kỳ.